Vamos supor que você acaba de fazer push do seu projeto em PHP para o Github e nesse projeto você está usando as libs do Bootstrap para facilitar seu trabalho. E quando olhou as informações do repositório está aparecendo que seu projeto está como 85,8% Javascript, 13,9% PHP, 0,3% CSS.

Esse "problema" acontece porque realmente seu repósitorio tem mais arquivos .js do que .php e para resolver isso, basta que adicione-mos um arquivo .gitattributes com as seguintes informações:

diretorio_bootstrap/* linguist-vendored

Substitua diretorio_bootstrap pelo caminho dos arquivos que você deseja ignorar.

add, commit, push... E veja o resultado!